Большие таблицы

Если надо удалить таблицу, то

1) сперва сделать очистку данных таблицы командой:

TRUNCATE TABLE `table_name`;

2) потому уже можно удалить саму таблицу:

DROP TABLE `table_name`;

Если надо добавить/удалить поле или индекс, то

1) сперва создать таблицу с новой структурой и индексами;

2) перелить в нее данные из исходной;

3) исходную таблицу удалить, а новой дать ее имя